目前农村水环境污染问题相对与城市来说尤为严重，主要问题体现在如下几个方面：

1、农村自建房缺乏布局规划，具有较大的随意性，生活污水排放随意，有的污水排入明沟、暗渠，有的就近排入溪水、河流、湖泊。

2、农村垃圾随意堆放，没有收集及处理设施，垃圾渗出的污水和厕所污水、厨房污水一起汇集排放进自然水体，容易造成地表和地下水的污染。

3、农村地区缺乏收集系统，雨水和污水不分流，下雨时雨水和污水同时汇集，污水成分复杂，收集处理难度大

4、因经济水平和管理水平的制约，有些地区在选择农村污水处理设备时，盲目追求无动力、零运行费用的处理方式，而实际上人工湿地、土地渗滤等生态处理技术在处理复杂成分的农村污水方面效果有限，使用不当且无人维护时，不但起不到污水治理的效果，反而增加了污染。

5、由于缺乏资金，村镇无法承担污水处理设施的运行和维护成本，许多项目投建后即荒废，达不到污水处理的效果。